Чтобы исправить эту проблему нужно удалить файл 1cv8cmn.pfl в каталоге пользователя.
Шаг 1. Заходим в каталог C:\Users\<ИмяПользователя>\AppData\Roaming\1C\1cv8
Шаг 2. Удаляем файл 1cv8cmn.pfl
После этого в конфигураторе видимость панелей будет восстановлена.